隨著問天實驗艙、夢天實驗艙以及神舟載人飛船、天舟貨運飛船等更多艙段和飛船的相繼加入，空間站組合體的尺寸、質(zhì)量、慣量以及重心位置等影響姿態(tài)控制的核心要素與核心艙單艙相比變化較大，部分參數(shù)甚至存在跨數(shù)量級的增長。飛船交會對接特別是近距離對接時采用的是相對姿態(tài)位置控制方法，空間站運動特性的變化將直接影響飛船的交會對接控制過程。雖然神舟十五號已經(jīng)成功完成空間站“T”字構(gòu)型的交會對接任務(wù)，但其對接的位置為空間站前向?qū)涌?，由于空間站在不同方向上運動特性有所區(qū)別，神舟十六號進行的徑向?qū)有枰狦NC系統(tǒng)依靠自身的能力克服上述變化帶來的影響。

神舟十六號在進行徑向交會對接任務(wù)時，會沿著天和核心艙下方的徑向?qū)涌谥饾u靠近空間站組合體，從飛船的視角看，天和核心艙、問天實驗艙、夢天實驗艙、天舟六號貨運飛船以及神舟十五號載人飛船均會出現(xiàn)在神舟十六號飛船的視野中，這對于在神舟十六號上安裝的、需要以宇宙背景或太陽作為觀測目標的測量敏感器會產(chǎn)生視線遮擋。隨著神舟十六號飛船和組合體距離逐漸縮短，遮擋會越來越多，需要依靠GNC系統(tǒng)配備的敏感器自身的抗干擾或目標特性識別能力加以屏蔽和區(qū)分，或采用不同測量方位、測量體制的備份測量敏感器來保證持續(xù)、準確的測量能力。

空間站組合體尺寸的增大還使得飛船和空間站組合體的發(fā)動機工作時，羽流間的相互影響相比以往的發(fā)射和對接任務(wù)變得更加復(fù)雜：一方面，飛船在近距離交會過程中需要頻繁啟動發(fā)動機進行相對姿態(tài)和位置的調(diào)整，這將對空間站姿態(tài)產(chǎn)生影響；另一方面，空間站的噴氣也會影響飛船的姿態(tài)。對于這一問題，需要GNC系統(tǒng)優(yōu)化發(fā)動機分組使用和控制方法，并通過地面仿真計算加以驗證，確保交會對接過程在諸多影響下仍能圓滿完成。